针灸研究所是中国中医科学院的下属院所之一，是世界卫生组织传统医学合作中心，是目前我国最大的针灸科研单位
       针灸研究所承担着针灸的科研、医疗、教学任务。它的主要任务是：贯彻执行党的中医政策，继承和发扬中医针灸医学遗产；运用现代科学方法和中医传统的方法研究针灸基础理论和针灸效应的机制，探讨经络理论的生物学原理，验证和提高针灸临床疗效，开展针灸临床疗效评价和针灸标准化研究；为国内培养针灸高级人才，为世界各国培训针灸医生；为政府提供针灸学发展的决策性意见。
针灸研究所设有行政处室五个：所长办公室、党委办公室、人事处、科教处、财务处。针灸研究所创新体系部分有设有针灸基础理论研究室、针灸机能研究室、针灸形态研究室、针灸生化及分子生物学研究室和医学工程研究室；另设针灸标准和评价中心、经络研究中心。针灸研究所下设中国中医科学院针灸医院和中国北京国际针灸培训中心。
       建有中国针灸博物馆；主办国家级的《中国针灸》和《针刺研究》杂志，与世界针灸学会联合会主办《World Journal of Acupuncture and Moxibustion》杂志（世界针灸杂志）。
       为硕士、博士学位授予点和博士后流动站，也是国家级名老中医师带徒的单位。有中国工程院院士一名。
       针灸研究所进入创新体系的工作人员定编为100人（包括20％的流动高级科研人员），目前有高级职称（包括兼职）研究人员25名，中级职称科研人员23名，初级职称科研人员10 名。其中具有博士学位的研究人员19名，具有硕士穴位的研究人员17名；硕士以上学位的科研人员占研究人员总数的62.07％。科研人员的平均年龄为39.05岁。